{"id":4985,"date":"2018-02-05T00:07:18","date_gmt":"2018-02-04T23:07:18","guid":{"rendered":"http:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/?p=4782"},"modified":"2018-02-26T15:28:19","modified_gmt":"2018-02-26T14:28:19","slug":"bioinformatikk","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/bioinformatikk\/","title":{"rendered":"Bioinformatikk"},"content":{"rendered":"

[et_pb_section admin_label=»Seksjon» fullwidth=»on» specialty=»off»][et_pb_fullwidth_post_title admin_label=»Fullbreddes innleggstittel» title=»on» meta=»off» author=»on» date=»on» categories=»on» comments=»on» featured_image=»on» featured_placement=»background» parallax_effect=»off» parallax_method=»on» text_orientation=»right» text_color=»light» text_background=»on» text_bg_color=»rgba(21,150,137,0.9)» module_bg_color=»rgba(255,255,255,0)» title_font=»|on|||» title_font_size=»35px» title_all_caps=»off» use_border_color=»off» border_color=»#ffffff» border_style=»solid» module_id=»header-image-and-text»]<\/p>\n

 <\/p>\n

[\/et_pb_fullwidth_post_title][\/et_pb_section][et_pb_section admin_label=»Seksjon» fullwidth=»off» specialty=»off»][et_pb_row admin_label=»Rad»][et_pb_column type=»2_3″][et_pb_text admin_label=»Tekst» background_layout=»light» text_orientation=»left» use_border_color=»off» border_color=»#ffffff» border_style=»solid»]<\/p>\n

En viktig del av arbeidet dreier seg om \u00e5 analysere DNA p\u00e5 en mest mulig effektiv og presis m\u00e5te. Det er mange steg i analysen, og hver av disse m\u00e5 optimaliseres for \u00e5 unng\u00e5 feil. Feilene kan v\u00e6re b\u00e5de \u00e5 miste mutasjoner som egentlig finnes, og \u00e5 finne mutasjoner som egentlig bare er teknisk st\u00f8y.<\/strong><\/p>\n

Vi arbeider sammen med \u00abInternational Cancer Genomics Consortium\u00bb for \u00e5 f\u00e5 dette best mulig. Samtidig m\u00e5 analysen v\u00e6re raskest mulig, og den m\u00e5 kunne la seg gj\u00f8re innenfor de regneressursene vi har til r\u00e5dighet.<\/p>\n

Datamengdene vi snakker om i dette arbeider ligger innenfor det som kalles tungregning. Det gjelder b\u00e5de for kravene til lagringsmengder og til regneressurser. Vi samarbeider med Universitetet i Oslo for \u00e5 etablere l\u00f8sninger som b\u00e5de er tilstrekkelig sikre for pasientsensitive data, og som samtidig har tilstrekkelig kapasitet til \u00e5 h\u00e5ndtere de ressurskrav som stilles til datamengder og beregning. \u00a0Men dette er bare en del av det vi arbeider med.<\/p>\n

Vi utvikler ogs\u00e5 l\u00f8sninger for \u00e5 samle sammen mest mulig kunnskap om hver mutasjon fra forskjellige internasjonale kunnskapskilder. Dette gj\u00f8r vi for \u00e5 legge til rette for tolkningsarbeidet for hver enkelt mutasjon i hver kreftsvulst. Vi samarbeider ogs\u00e5 med biologene for \u00e5 forst\u00e5 sekvenseringsdataene for hver kreftform best mulig.<\/p>\n

NCGC bioinformatikkgruppen er ogs\u00e5 partner i Big Insight Centre for Research-based Innovation. Big Insight, statistics for the knowledge economy, er et nystartet \u201cSenter for forskningsdrevet innovasjon\u201d (SFI) som startet opp i april i \u00e5r. Senteret skal bidra til \u00f8kt verdiskapning i samfunnet gjennom \u00e5 utvikle nye statistiske metoder og verkt\u00f8y for h\u00e5ndtering og sammenstilling av store og komplekse datasett, \u201cbig data\u201d, for privat og offentlig sektor. I senteret inng\u00e5r Oslo Universitetssykehus med NCGC-partner Eivind Hovig. I tr\u00e5d med m\u00e5lene i NCGC er en sentral ambisjon i Big Insight \u00e5 utvikle statistiske redskaper for personrettet behandling, heller enn behandling p\u00e5 gjennomsnittsantakelser i st\u00f8rre pasientgrupper, og Hovig tror p\u00e5 gode synergieffekter mellom NCGC og Big insight.<\/p>\n

Deltakerne i NCGCs bioinformatikkgruppe er postdoc Sigve Nakken, PhD-student Daniel Vod\u00e1k, programmerer Ghislain Fournous og prof. Eivind Hovig<\/p>\n

Se mer informasjon om Hovigs gruppe<\/a><\/p>\n

[\/et_pb_text][\/et_pb_column][et_pb_column type=»1_3″][et_pb_sidebar admin_label=»Nyhetsarkiv og konferanser» orientation=»left» area=»primary» background_layout=»light» remove_border=»off»]
\n[\/et_pb_sidebar][\/et_pb_column][\/et_pb_row][\/et_pb_section]<\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

[et_pb_section admin_label=»Seksjon» fullwidth=»on» specialty=»off»][et_pb_fullwidth_post_title admin_label=»Fullbreddes innleggstittel» title=»on» meta=»off» author=»on» date=»on»...<\/p>\n","protected":false},"author":4078,"featured_media":1159,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[175361],"tags":[],"class_list":["post-4985","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-ncgc-projects"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4985","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/wp-json\/wp\/v2\/users\/4078"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=4985"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4985\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":5202,"href":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4985\/revisions\/5202"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/wp-json\/wp\/v2\/media\/1159"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=4985"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=4985"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/kreftgenomikk.w.uib.no\/no\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=4985"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}